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En estos días me he visto en la necesidad de migrar una base de datos MySQL de grandes dimensiones portando los dumps de un sitio a otro. Al principio hicimos sólo uno, que ocupaba 10 gigas. Cuando empezó a dar problemas, se nos ocurrió trocearlo en un script por tabla de la base de datos y así ver qué tablas eran las problemáticas y actuar en consecuencia con ellas sin necesidad de volver a restaurarlo todo desde el principio.
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I found several validation queries for different database engines that could be useful for our datasources configuration:

Source: stackoverflow.

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